儿时被抚养在宫外，只为避痘，即便如此，他两岁时依旧没能逃脱病魔侵袭，患上痘疫，幸而福大命大，最终痊愈，只在脸上留下了瘢痕。患过天花痊愈后的人终生对天花免疫，当顺治突然重病，仓促指定传位人选时，排行第三、时年七岁的康熙被选中，只因当时政局初定的满清需要一位长久的统治者，而皇子中康熙患过天花，不会因为此疾早亡。

康熙年间，民间的痘疫苗法逐渐传入京城，这些接种方法各有不同，但大体原理都是让人得一次轻微的痘疫，如此一来，余下此生便不会再得。在康熙的推广下，太医院成立痘诊科，北京城也设有“查痘章京”，专门负责天花防治事宜。也正是从此时起，皇子皇女们开始种痘，虽然不能保证百分百的成功率，仍有皇嗣在种痘中夭亡，但皇嗣的存活率已是大大提高，康熙晚年自己就曾对诸皇子言道，“国初，人多畏出痘，至朕得种痘方，诸子女及尔等子女皆以种痘得无恙。 ”

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